佛教佛教于16世紀中葉左右傳入日本，從朝鮮半島的百濟王國（公元前18年至公元660年）傳入日本。幾十年內，在克服了該國保守勢力的暴力反對之后，該宗教在日本越來越多地被接受。也是在這個時候，日本經歷了來自韓國的移民，以及來自中國的文化影響，它影響了日本的佛教，因為它在這兩個國家都是重要的宗教。正是由于這些原因，日本大和國（約公元250-710年）開始在奈良首都建造佛教寺廟，這導致了今天在日本被稱為奈良佛教。794年，首都遷至賀蘭市，即現在的京都，佛教真言??宗、天臺宗等更多分支傳入日本。
無神論
日本幾乎總是被列為世界上最不信教的國家之一。然而，這在包括日本在內的東亞文化中很難量化，因為他們傾向于以不同的方式定義宗教，歷史上各種宗教信仰更加融合，而且有些人認為他們的信仰更多習慣和文化比宗教。在日本，由于許多人將多種宗教的習俗融入他們的生活，并且不屬于任何宗教組織，他們都信奉宗教，因此也更難分類。
結構化神道教
結構化神道教對日本來說相對較新，因為在其歷史的大部分時間里，神道教都是一種無組織的民間宗教。神道教派有十三個不同的教派，分為純神道教派、儒教教派、山拜教派、凈化教派和信仰治療教派。目前，結構化神道教在日本整體神道教中只占一小部分。
基督教
基督教于1549年首次傳入日本，也就是葡萄牙商人在日本活躍六年后，那一年，三位耶穌會天主教傳教士弗朗西斯·澤維爾、科斯梅·德·托雷斯和胡安·費爾南德斯抵達鹿兒島市。這些使命成功地改變了許多人，在接下來的幾十年里，基督徒的數量迅速增長，教堂正在建造，當地領主接受了這種宗教，迫使其他人接受它。到16世紀末，豐臣秀吉(1536/37-1598)禁止了該宗教，并于1597年處決了26名方濟各會教徒，以警告他們認真對待他關于禁止該宗教的新法令。秀吉死后不久，他的德川家康（1543-1616）將在日本奪取政權并成為幕府將軍，他和他的繼任者保持對基督教的禁令。
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